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北京时间 2026-11-02 16:50:32(08:50:32 UTC),提交 df852cb881e4ade1eb00c493c7db4aac1c22e744 合入 Tencent-Hunyuan/Hyra-results,说明为 Add HyInv and HyPLM-Flash model releases under AI4Science。数秒后 Release hyplm-flash-weights 发布(北京时间 16:50:59/08:50:59 UTC),字段为 prerelease: false、draft: false。落地内容包括模型定义、推理代码、英文 README、技术报告 PDF、仓内 HyInv 权重,以及作为正式 GitHub Release 的 HyPLM-Flash FP32 权重——不是预告标签。
开放推理与开放权重回答的是部署问题,并不自动回答完整训练复现问题。下文对照合入提交、Release 页与两份英文 README 实际写明的环境、精度路径、seed/设备规则,以及仍缺的训练侧条件。端到端速度与精度我们未跑、也未复测;README 与技术报告里的吞吐、毫秒表、ProteinGym 等数字若引用,一律标为文档自述。
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合入提交在 AI4Science 下放了什么
按提交说明,两个目录都带模型权重(HyPLM-Flash 大权重走 Release)、模型定义与推理代码、技术报告 PDF 与英文 README。author/committer 时间为 2026-11-02T08:50:32Z/08:50:44Z,即北京时间 16:50:32/16:50:44。路径为 AI4Science/hyinv/ 与 AI4Science/hyplm_flash/。
两份 README 均写由研究代理 Hyra 2.0 训练;树内 LICENSE 为 MIT。这只覆盖已发布的推理包说明,并不等于仓库附带了完整训练数据快照。
Release hyplm-flash-weights:正式 FP32 分片
Release API 与标签页一致:
tag_name:hyplm-flash-weightsname: HyPLM-Flash weightsprerelease: false ·draft: falsepublished_at: 2026-11-02T08:50:59Z = 北京时间 2026-11-02 16:50:59
资源:
| 资源 | 大小(字节) |
|---|---|
model.safetensors.part0 | 1303875482 |
model.safetensors.part1 | 1303875482 |
| 合计 | 2607750964(约 2.61 GB 十进制) |
Release 正文:FP32、两片;下载后 cat 成 model.safetensors,校验 sha256 ce7dcd4fc473dc334d869718a9a31149573893795db03c45efeb396e8b180ab1。同流程见 AI4Science/hyplm_flash/weights/download.sh。assets API 上的分片 digest 与合并后校验值不是同一回事——以 Release 正文里的合并文件校验为准。
HyInv:1.96M 逆折叠,CPU/GPU 均可
README 描述:1.96M 参数图网络,做蛋白逆折叠(骨架 → 序列),ProteinMPNN 风格消息传递(4 层编码器、3 层解码器),只看 N/Cα/C/O,CPU 与 GPU 都能跑。放出的是结构奖励强化学习版权重;文档采样为 16 轮(编码一次,8 轮盲写温度 0.6,再 8 轮改写温度 0.34)。
仓内权重。 Layout 写 weights/model.safetensors 为 FP32、7.8 MB;GitHub Contents API 查询大小为 7843508 字节(约 7.48 MiB)。两者描述同一文件,没有第三个体积。
安装面。 Python 3.10+、PyTorch、safetensors、numpy;CUDA 加速另需 triton(pip install -e '.[fast]')。CLI 形如 python -m hyinv design --pdb structure.pdb --n 128 --seed 0 --out designs.fasta,并支持链、固定残基、温度、--device cpu|cuda、--fast off|exact|bf16、--weights。
可复现条件(README Notes)。 结果一致需要同一 seed、batch size(默认 64,按长度自动收紧)、device type、PyTorch 版本。每个 batch 独立随机流:第 k 个 batch 用 seed+k,改 batch size 就会改结果。CPU 与 GPU 随机流不同,同 seed 下序列也不会相同。笔记本 CPU 烟测对上实验室 GPU 跑数时,这条最容易漏。
--fast。 默认 off:FP32 参考实现(CPU/GPU)。exact:FP32 级加速(TF32×3、erf GELU),参数对齐时序列几乎总与 off 相同,概率接近平局时偶发单点翻转。bf16:BF16 操作数、FP32 累加、tanh GELU——最快,但数值路径不同,同 seed 不保证与 off 同序列,自身在相同参数下可复现。Triton 内核在 Hopper 类 H20(sm_90) 上验证过;其它架构 README 写「应能编译」且未验证。首次编译与 CUDA graph 捕获耗时与稳态延迟分开记。
README/技术报告中的毫秒表(例如单卡 H20、给定条件下 bf16 约 25/54 ms 对应 148/402 残基)属文档自述,我们未复测。
HyPLM-Flash:650M masked PLM,必须 CUDA
README:650M masked 蛋白语言模型;安装需要 CUDA GPU,推荐 Hopper(H20/H100)。FP32 权重即上述 Release 双分片(约 2.61 GB),用 bash weights/download.sh 拉取(需 curl;触达限流再设 GITHUB_TOKEN)。pip install -e . 依赖 torch、safetensors、triton、flash-attn;有 FlashAttention-3 则优先,否则 FlashAttention-2。
精度(README 表)。 默认 precision="int8" 面向表征抽取、zero-shot、结构/功能预测等;文档自述单卡 H20 约 130,000 residues/s。precision="bf16" 自述约 90,000 residues/s,更适合在近同变体上训监督回归(如 FLIP 的 AAV/GB1)——README 称 INT8 下同蛋白变体表征大约只差 1%。INT8 下 zero-shot/结构/功能/likelihood 与 BF16 差距自述在 0.01 内。以上均为文档宣传,我们未实测。
接口:HyPLMEncoder.from_pretrained("weights")(默认 INT8)、encode/logits、多卡辅助与低延迟 CUDA graph。单序列最长 8190 残基;batch_tokens 默认 32768。
README 中 ProteinGym zero-shot Spearman 0.409、「长程接触精度最佳」等表述为自述评测文案,我们未复现该评测网格。
开放推理 ≠ 训练全复现
就合入提交与 README 可见范围,这两款模型公开了:
- 模型定义与推理代码
- 技术报告 PDF
- HyInv 仓内 FP32 权重(README 7.8 MB/API 7843508 B)
- HyPLM-Flash 正式 Release FP32 权重(约 2.61 GB、两片)
- MIT 许可文本
同一批页面不能据此写成完整训练一键可复现:
- 完整语料与精确数据配方(HyPLM-Flash README 仅有相对 ESM-2 等的高层对比,如「0.73× ESM-2 650M 数据量」)
- 端到端训练脚本、日程与奖励管线的完整公开回放
- 保证任意本机栈在未对齐硬件/软件/seed 时复现 README 延迟或 ProteinGym 数字
结论:可部署的推理包 + 已发布权重,外加采样/编码的可复现规则——不是「克隆仓库等于训练全复现」。
运维对照清单
- 时间。 合入与 Release 集中在北京时间 2026-11-02 16:50(08:50 UTC);Release 为正式版(
prerelease: false)。 - 目录。 逆折叠 →
AI4Science/hyinv;masked PLM →AI4Science/hyplm_flash+ Release 下载。 - HyInv 可复现。 锁定 seed、batch size、device type、PyTorch 版本;记住每 batch
seed+k与 CPU≠GPU 随机流。 - HyInv
--fast。off=FP32 参考;exact≈对齐off;bf16=同分布另一采样,不与off逐位相同。内核在 Hopper H20 验证;其它 GPU 未验证。 - HyPLM-Flash 硬件。 必须 CUDA;推荐 Hopper。README 未声称支持 CPU 推理。
- 精度。 默认 INT8 做表征/zero-shot/结构功能向;近同变体上训回归更宜 BF16。
- 校验权重。 HyPLM-Flash:合并分片后核 sha256
ce7dcd4fc473dc334d869718a9a31149573893795db03c45efeb396e8b180ab1。HyInv:README 7.8 MB 与 API 7843508 B 指向同一model.safetensors。 - 宣传数字。 吞吐、毫秒表、ProteinGym 0.409 等读作「README/技术报告自述」——我们未复测。
- 许可。 两包均为 MIT;再分发时保留 LICENSE。
- 选题。 写的是 Hyra AI4Science 蛋白工具条件,不是 Hy-Nomas、不是 Hy-SimulMT,也不宣称训练已全部公开。
小结
北京时间 2026-11-02 16:50,Tencent-Hunyuan/Hyra-results 开放了 HyInv(1.96M,CPU/GPU,seed/batch/device/PyTorch 硬条件)与 HyPLM-Flash(650M,CUDA/偏 Hopper,默认 INT8、近同变体回归偏 BF16)的推理代码、报告与权重——含约 2.61 GB 的正式 HyPLM-Flash Release。按文档可以把推理路径搭起来;这不等于完整训练可复现,且 README 数字我们未实测。现场跑数反馈可通过页脚站长联系方式提交。
